토지는 자연물로서 부가가치세가 부과되지 않지만, 건물은 부가가치세가 적용되는 정착물로 분류됩니다. 따라서 매매계약을 체결할 때 매수자는 건물에 대한 부가가치세 10%를 별도로 납부해야 하며, 이후 환급 신청을 통해 이를 돌려받을 수 있습니다. 그러나 이 과정이 번거롭기 때문에 실무에서는 사업체 포괄양수도 계약 방식을 활용하여 부가세 절차를 간소화하는 경우가 많습니다.

부동산 거래 실무에서 매매계약서는 세금 문제와 자산의 명확한 가치를 고려하여 작성됩니다. 주로 사용되는 계약 방식은 두 가지입니다.

1. 사업체 포괄양수도 계약 방식
2. 토지와 건물 금액을 구분하여 작성하는 방식

이 두 방식은 세금 처리와 계약의 투명성에서 각각 다른 장점을 지니고 있어, 상황에 따라 매도자와 매수자의 판단으로 선택됩니다. 다음은 각 방식의 구체적 내용들입니다.

1. 사업체 포괄양수도 계약 방식
사업체 포괄양수도 계약은 주로 건물의 부가가치세 부담을 줄이기 위해 도입된 방식입니다. 일반적으로 매매 계약은 토지와 건물이라는 개별 자산에 대해 각각 금액을 명시하지만, 포괄양수도 계약에서는 토지와 건물을 포함한 전체 사업체 자산을 하나로 묶어 양도합니다. 이 방식의 핵심 장점은 부가가치세 절차를 간소화하는 데 있습니다.
이 계약에서는 보통 총 매매금액만 명시하고, “사업체 포괄양수도 계약으로 체결”이라는 단서조항을 추가합니다. 이 조항은 건물 금액에 대해 부가가치세가 부과되지 않도록 하여, 매도인과 매수인이 부가세 납부나 환급 절차의 번거로움을 피할 수 있게 합니다.

2. 토지와 건물 금액 구분 방식
토지와 건물의 금액을 각각 구분하는 방식은 거래의 투명성을 높이고 세금 관련 이슈를 명확히 하는 데 유리합니다. 이 방식은 부동산 매매 시 자산 가치를 개별적으로 평가하고 명시할 수 있어, 자산별로 명확한 평가와 구체적인 세금 처리가 가능합니다.
건물 가격은 임의로 산정되지 않고, 국세청 기준시가 조회 등을 통해 산출됩니다. 국세청의 기준 시가는 건물의 준공 연도, 구조, 층수 등의 요소를 반영하여 과세 기준 가치를 제시하며, 계약서에는 이 기준을 바탕으로 한 금액이 명시됩니다. 이를 통해 토지와 건물 각각의 가치가 명확히 드러나므로 거래의 투명성이 높아지고, 세금 처리에 대한 혼란이 줄어듭니다.

특히, 토지와 건물 금액을 구분하면 건물에 부가가치세가 발생할 경우 이에 대한 준비가 용이해집니다. 예를 들어, 건물에 부가가치세가 적용되더라도 금액이 명확히 구분되어 있기 때문에, 매도인과 매수인은 필요한 세금을 사전에 충분히 준비할 수 있습니다.
따라서 투자자는 매매계약 체결 시 사업체 포괄양수도계약으로 체결할 것인지, 아니면 토지 및 건물 금액이 각각 구분된 매매계약서로 체결할 것인지를 결정해야 합니다. 이를 통해 건물 분에 대한 부가가치세 10%가 갑작스럽게 발생하여 자금 준비가 되지 않아 낭패를 보는 상황을 미리 방지할 수 있습니다.