2026 세제개편안, 다주택자 양도세·용도변경 뭐가 달라지나

주택→상가 용도변경 보유기간과 2027~2028년 중과 완화 핵심

배준형의 밸류업 클래스

안녕하세요. 여러분의 부동산 주치의 배준형 수석전문위원입니다.

이번 시간에는 2026년 8월 3일 정부가 발표한 「2026년 세제개편안」 중에서, 다주택자들이 양도소득세 중과를 피하기 위해 건축물의 용도를 주택 외로 변경하는 경우의 보유기간 계산 방식과 함께 개편되는 장기보유특별공제 제도에 대해 정리해드리겠습니다.

이번 개편안이 실무적으로 특히 영향을 미칠 수 있는 대상은 소유자가 건축물의 용도를 변경할 수 있는 단독주택·다가구주택·상가주택, 즉 1층은 상가이고 위층은 주택으로 사용되는 복합용도 건물 등입니다.

아파트의 경우 개별 세대만을 주택 외 용도로 적법하게 변경하기가 현실적으로 쉽지 않아 일반적으로는 단독·다가구·상가주택보다 이번 규정의 직접적인 영향을 받을 가능성이 낮습니다.

먼저 짚고 넘어갈 부분이 있습니다.

이번 세제개편안은 정부가 발표한 개정안으로, 관련 소득세법 개정사항은 입법예고와 국무회의, 국회 심의·의결 등을 거쳐 최종 확정됩니다. 따라서 현 시점에서는 확정된 법률이 아니라 정부가 제시한 개편 방향으로 이해해야 합니다. 정부는 2026년 세제개편안에서 부동산 세제를 단계적으로 개편하고, 양도세의 경우 2027년 한 해 유예한 뒤 2028~2029년에 걸쳐 단계적으로 시행한다는 방향을 제시했습니다.

따라서 실제 용도변경이나 부동산 처분 시기를 결정할 때는 최종 국회 통과 내용과 시행령·시행규칙까지 다시 확인해야 합니다.

1. 왜 ‘용도변경’이 다주택자의 절세 수단으로 거론되는가?

현행 소득세법상 다주택자가 조정대상지역 내 중과대상 주택을 양도하면 기본세율 6~45%에 2주택자는 20%포인트, 3주택 이상자는 30%포인트가 가산되는 중과세율이 적용됩니다.

이러한 다주택자 중과는 한동안 시행령을 통해 한시적으로 적용이 배제됐지만, 2026년 5월 10일부터 다시 적용되고 있습니다. 정부도 이번 세제개편안에서 중과가 재개된 이후의 부담을 고려해 2027년과 2028년 한시적인 완화방안을 함께 제시했습니다.

이 때문에 일부 다주택자들 사이에서는 양도하기 전 건축물의 용도를 주택에서 근린생활시설이나 상가·사무실 등 주택 외 용도로 변경해 양도 시점에는 주택이 아닌 상태로 만드는 절세 방법이 검토돼 왔습니다.

현행 세법에서는 주택 외 건물의 장기보유특별공제를 계산할 때 원칙적으로 자산의 취득일부터 양도일까지 보유기간을 계산하기 때문에, 오래 보유한 주택을 상가 등으로 변경한 뒤 양도하면서 과거 보유기간까지 공제에 활용할 수 있는 여지가 있었습니다.

2026년 세제개편안은 바로 이 부분의 보유기간 계산방법을 바꾸겠다는 것입니다.

다만 건축물대장의 용도만 바꾸면 자동으로 세법상 주택에서 제외되는 것은 아닙니다.

세법에서는 공부상의 용도뿐 아니라 실제 사용현황 등을 함께 고려해 주택 여부를 판단할 수 있기 때문에, 건축물대장상 근린생활시설로 변경해 놓고 실제로는 계속 주거용으로 사용한다면 세법상 주택이 아니라고 단정하기 어렵습니다.

따라서 용도변경을 통한 절세를 검토한다면 건축법상 적법한 용도변경뿐 아니라 실제 사용 상태까지 함께 살펴봐야 합니다.

2. 용도변경 후 보유기간 계산법이 달라진다

정부안에 따르면 앞으로 주택을 주택 외 용도로 변경한 뒤 양도하는 경우, 장기보유 관련 공제를 계산하기 위한 보유기간을 종전과 다르게 계산하게 됩니다.

기본적인 구조는 다음 두 기간을 합산하는 방식입니다.

① 주택으로 보유한 기간 중 실제 거주한 기간

② 주택 외로 용도변경한 이후의 보유기간

즉 주택으로 보유했던 기간 전체를 그대로 인정하는 것이 아니라, 주택으로 사용했던 기간 가운데 실제 거주한 기간만 인정하고 여기에 주택 외 용도로 변경한 이후의 보유기간을 더하는 방식입니다.

예를 들어 어떤 주택을 15년간 보유했지만 실제 거주기간은 4년이고, 이후 상가로 용도변경해 3년간 보유한 뒤 양도한다고 가정해보겠습니다.

정부안이 그대로 시행된다면 공제에 반영되는 기간은 단순한 전체 보유기간 18년이 아니라,

주택 거주기간 4년 + 주택 외 보유기간 3년

을 중심으로 계산하는 구조가 됩니다.

여기에 다주택자는 한 가지를 더 주의해야 합니다.

용도변경 전 해당 주택이 다주택자의 조정대상지역 소재 양도세 중과대상 주택에 해당한다면 주택으로 보유하면서 실제 거주한 기간도 공제용 보유기간에서 제외하고, 주택 외 용도로 변경한 이후의 보유기간만 인정하는 방안이 추진되고 있습니다.

따라서 다주택자가 조정대상지역의 주택을 장기간 보유하거나 실제 거주했더라도 이를 상가 등으로 바꾼 뒤 양도하는 경우에는 과거 주택 보유기간이 예전처럼 장기보유 공제에 충분히 반영되지 않을 수 있습니다.

정부 세제개편안은 이러한 제도를 2028년 이후 단계적으로 시행하는 방향을 제시하고 있습니다. 다만 구체적인 적용시점은 용도변경 시점과 양도 시점에 관한 최종 법률의 적용례와 부칙을 함께 확인해야 합니다.

3. 장기보유특별공제 자체도 ‘보유’에서 ‘거주’ 중심으로 바뀐다

이번 개편은 용도변경에 대한 보유기간 계산만 바꾸는 것이 아닙니다.

정부는 주택에 대한 양도소득세 장기보유특별공제 체계를 전반적으로 보유기간 중심에서 거주기간 중심으로 전환하는 방향을 제시했습니다.

현재 1세대 1주택자의 경우 일정한 요건을 충족하면 보유기간과 거주기간을 각각 반영해 최대 80%의 장기보유특별공제를 받을 수 있습니다.

이번 개편안에서는 주택의 경우 장기보유특별공제를 사실상 ‘장기거주소득공제’ 중심으로 재편해 실제 거주기간을 더욱 중요한 기준으로 삼겠다는 방향입니다. 정부는 비거주 주택이나 다주택에 대해서는 보유만으로 주어지는 세제혜택을 축소하고, 실제 거주에 대한 공제를 중심으로 제도를 변경하겠다고 밝혔습니다.

다만 제도는 한꺼번에 바뀌는 것이 아니라 단계적으로 시행됩니다.

정부안에 따르면 양도세 개편은 2027년 한 해 동안 유예기간을 둔 뒤 2028년과 2029년에 걸쳐 단계적으로 적용됩니다.

특히 장기보유특별공제로 지나치게 큰 금액이 공제되는 것을 막기 위해 공제한도도 새로 도입됩니다.

정부는 2027년까지 현행 제도를 유지한 뒤 2028년에는 장기보유특별공제 한도를 20억원으로 설정하고, 2029년 이후에는 10억원으로 낮추는 방안을 제시했습니다.

결국 이번 개편의 방향은 분명합니다.

“얼마나 오랫동안 가지고 있었는가”보다는 “실제로 얼마나 오랫동안 거주했는가”를 더 중요하게 보겠다는 것입니다.

4. 다주택자 양도세 중과, 2027~2028년 한시적으로 완화

용도변경 개편과는 별개로 조정대상지역 주택에 대한 다주택자의 양도소득세 중과세율도 2027년과 2028년 한시적으로 낮아집니다.

현행 중과세율은 기본세율 6~45%에

2주택자 +20%포인트

3주택 이상자 +30%포인트

를 가산하는 방식입니다.

정부안은 이를 다음과 같이 단계적으로 완화하도록 했습니다.

2027년

2주택자: 기본세율 +5%포인트

3주택 이상자: 기본세율 +10%포인트

2028년

2주택자: 기본세율 +10%포인트

3주택 이상자: 기본세율 +15%포인트

2029년 이후

2주택자: 기본세율 +20%포인트

3주택 이상자: 기본세율 +30%포인트

즉 다주택자 양도세 중과를 폐지하는 것이 아닙니다.

2027년과 2028년 두 해 동안 중과 폭을 낮춰 매도 기회를 준 뒤, 2029년부터 다시 현행 중과 수준으로 복귀시키는 구조입니다.

정부 역시 이번 조치를 다주택자 중과제도를 없애는 것이 아니라, 보유세 정상화 과정에서 일정 기간 매도 기회를 부여하는 조치라고 설명하고 있습니다.

5. 2026년 중 중과 재개 이후 양도한 경우도 확인해야 한다

이번 개편안에서 눈여겨볼 부분이 하나 더 있습니다.

정부는 다주택자 양도세 중과가 재개된 2026년 5월 10일 이후 양도분에 대해서도 완화된 중과세율을 적용할 수 있도록 하는 방안을 제시했습니다.

따라서 2026년 중 이미 조정대상지역의 중과대상 주택을 양도했거나 연내 양도를 계획하고 있다면 단순히 현재의 +20%포인트 또는 +30%포인트 중과세율만을 기준으로 최종 세부담을 판단해서는 안 됩니다.

정부안이 국회에서 확정될 경우 신고 시점과 적용례에 따라 2027년에 적용되는 완화세율을 적용받을 수 있는지가 중요한 변수가 될 수 있습니다.

특히 양도일과 예정신고일, 확정신고일이 서로 다른 연도에 걸치는 경우에는 최종 입법된 경과규정을 반드시 확인할 필요가 있습니다.

6. 용도변경 시점과 양도 시점을 함께 봐야 한다

이번 세제개편안에서는 앞으로 단순히 “언제 팔 것인가”만 보는 것으로는 충분하지 않습니다.

주택을 상가 등으로 바꾸는 경우에는

언제 취득했는지,

얼마나 거주했는지,

언제 용도변경했는지,

용도변경 이후 얼마나 보유했는지,

그리고 언제 양도하는지

를 모두 함께 봐야 합니다.

특히 용도변경 전 해당 주택이 다주택자의 조정대상지역 중과대상 주택이었다면 용도변경 이후의 주택 외 보유기간이 장기보유 공제를 결정하는 핵심 변수로 떠오를 수 있습니다.

그렇다고 해서 단순히 용도변경을 빨리 하는 것이 언제나 유리하다는 의미는 아닙니다.

용도변경을 하면 실제 사용 용도도 바뀌어야 하고, 기존 임차인의 퇴거와 시설 변경, 건축법상 용도변경 가능 여부, 공사비, 임대료 변화 등이 발생할 수 있습니다.

주택으로 임대할 때와 상가로 임대할 때의 수익률이나 공실 위험도 달라집니다.

결국 양도세 하나를 줄이기 위해 전체 자산의 수익성을 떨어뜨리는 용도변경을 한다면 경제적으로는 오히려 불리할 수 있습니다.

7. 다주택자라면 2027년 매도도 함께 검토할 만하다

다주택자로서 조정대상지역 중과대상 주택을 보유하고 있다면 용도변경만으로 절세 효과를 만들려고 하기보다 양도 시기 자체를 함께 비교해 보는 것이 중요합니다.

정부안대로라면 2027년에는 다주택자의 중과 가산세율이 가장 크게 낮아집니다.

2주택자는 현재 +20%포인트에서 +5%포인트로, 3주택 이상자는 +30%포인트에서 +10%포인트로 낮아집니다.

2028년에는 각각 +10%포인트와 +15%포인트로 올라가고 2029년부터 다시 현재 수준인 +20%포인트와 +30%포인트로 돌아갑니다.

따라서 다주택자라면 최소한 세 가지 시나리오를 비교해 볼 필요가 있습니다.

첫째, 현재 주택 상태로 양도하는 경우입니다.

둘째, 2027년 중과 완화기간에 양도하는 경우입니다.

셋째, 적법하게 주택 외 용도로 변경해 일정 기간 보유한 뒤 양도하는 경우입니다.

각 시나리오별 예상 양도소득세와 용도변경 비용, 임대수익 변화, 금융비용까지 함께 계산해야 실제 어느 방법이 유리한지를 판단할 수 있습니다.

단순히 세율만 비교해서는 안 됩니다.

용도변경보다 중요한 것은 전체 세후수익입니다

이번 2026년 세제개편안은 다주택자의 양도세율만 바꾸는 것이 아닙니다.

정부가 제시한 전체적인 방향은 주택에 대한 세제혜택의 기준을 장기 보유에서 장기 거주로 이동시키는 것입니다.

거주용 1주택은 최대한 보호하는 대신 비거주 주택과 다주택은 보유만으로 받을 수 있었던 세제혜택을 줄이고, 실제 거주 여부를 과세의 중요한 기준으로 삼겠다는 것입니다.

여기에 주택을 상가 등으로 변경한 뒤 양도하는 경우에도 과거 주택 보유기간을 그대로 활용하기 어렵도록 보유기간 계산방식을 바꾸는 방안이 포함됐습니다.

다주택자로서 조정대상지역의 주택을 보유하고 있다면 이제는 단순히

“상가로 바꾸면 중과를 피할 수 있을까?”

만 물어서는 안 됩니다.

용도변경 후 인정되는 보유기간이 얼마나 되는지, 2027~2028년 한시적인 중과 완화기간에 파는 것이 더 유리하지는 않은지, 용도변경에 필요한 비용과 그 이후 임대수익은 어떻게 달라지는지를 함께 계산해야 합니다.

세금은 자산 운용의 중요한 변수이지만 그 자체가 목적이 되어서는 안 됩니다.

용도변경으로 양도세를 줄였더라도 임대수익이 떨어지고 공사비와 공실비용이 늘어나면 전체 투자수익은 오히려 낮아질 수 있습니다.

따라서 가장 중요한 것은 세금이 가장 적은 방법이 아니라, 세금을 포함한 모든 비용을 제외하고 가장 높은 세후수익을 남기는 방법을 찾는 것입니다.

다만 이번 세제개편안은 현재 정부안 단계입니다.

정부는 양도세 제도개편을 2027년 유예 후 2028~2029년 단계적으로 시행하는 방향을 제시했지만, 세율과 시행시기, 적용요건 및 경과규정은 국회 심의 과정에서 변경될 수 있습니다.

실제 용도변경이나 양도를 계획하고 계신다면 최종 확정된 법률과 시행령·시행규칙을 확인한 뒤, 개별 자산의 취득·보유·거주·용도변경 이력을 반영해 세무 전문가와 상담한 후 의사결정을 하시길 권해드립니다.

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※ 본 칼럼은 2026년 8월 3일 정부가 발표한 세제개편안을 기준으로 건축물 용도변경과 양도소득세 장기보유 관련 공제, 다주택자 양도소득세 중과 내용을 일반 독자가 이해하기 쉽게 설명한 정보성 콘텐츠입니다. 현재 정부안 단계이므로 국회 심의 과정에서 법률 내용과 시행시기, 적용례가 변경될 수 있습니다. 실제 거래나 용도변경 전에는 최종 확정된 법령과 개별 자산의 사실관계를 기준으로 세무 전문가의 검토를 받으시기 바랍니다.